Заповедник был создан по инициативе выдающегося ботаника, президента Академии наук в 1936-1945 годах академика Владимира Леонтьевича Комарова. Он ещё в 1913 году обратил внимание на уникальную флору и растительность в верхнем течении реки Супутинки. Первоначально заповедник и назывался Супутинским горнотаёжным заповедником, при нём также работала научно-исследовательская станция – ныне Горнотаёжная станция Дальневосточного отделения РАН. Но затем статус станции возрос, и заповедник стал находится в её ведении, информирует «Тихоокеанская Россия».